STRING: functional protein association networks

STRING可以用來看protein跟protein之間的關係。
http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=OtTDdNLsOyOX&sessionId=XmR18k3OQNwf

進入首頁之後，你會看到這網站提供了四種不同的搜尋方式：

• search by name
• search by protein sequence
• multiple names
• multiple sequences

Mascot

Mascot可以用來分析MS的結果。

Matrix science 網站：
http://www.matrixscience.com/search_form_select.html


1. 進入Mascot分析頁面

Phylogenetic Analysis: Building a Tree

Protein: Maximum parsimony (MP) / Maximum likelihood (ML)


1. 用bioedit 匯入想要比較的aa sequence，然後跑 clustalW mutliple alignment，最後存成.phy檔

2. 使用phylip3.67畫圖

Sequence analysis: CLC main workbench and Bioedit

當我們的定序送回來的時候，可能不是一整條的gene，而是有好幾個片段，所以分析之前要先把這些片段連起來。因為之後blast的時候，檔案必需要符合特定的格式，因此可以使用 CLC main workbench來連接這些片段。

打開 CLC main workbench 進入 limit mode，然後先匯入要連接的sequence。

Pubmed Statistics Analysis

ISI database:
key words: whole blood AND prothrombin time