STRING: functional protein association networks

STRING可以用來看protein跟protein之間的關係。
http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=OtTDdNLsOyOX&sessionId=XmR18k3OQNwf

進入首頁之後，你會看到這網站提供了四種不同的搜尋方式：

• search by name
• search by protein sequence
• multiple names
• multiple sequences

Mascot

Mascot可以用來分析MS的結果。

Matrix science 網站：
http://www.matrixscience.com/search_form_select.html


1. 進入Mascot分析頁面

Phylogenetic Analysis: Building a Tree

Protein: Maximum parsimony (MP) / Maximum likelihood (ML)


1. 用bioedit 匯入想要比較的aa sequence，然後跑 clustalW mutliple alignment，最後存成.phy檔

2. 使用phylip3.67畫圖

NCBI nucleotide

進入NCBI之後，選擇nucleotide，然後輸入想查的protein，
EX: Glucocerebrosidase
當然也可以使用上一篇的filter來narrow down搜尋結果，
EX: Glucocerebrosidase AND human[orgn]

開始使用NCBI GENE

我大學的時候就知道NCBI了，但是我只會使用Pubmed。這次的作業是NCBI的gene。在關鍵字後面加入[ ]，就可以過濾一些資料，讓查資料的時候更有效率。

Find genes by...	search text
free text	liver fibrosis
partial name and multiple species	platelet[title] AND "homo sapiens"[orgn]
chromosome and symbol	(IV[chr] OR 4[chr]) AND pf* [sym]
associated sequence accession number	M25897[accn]
gene name (symbol)	pf4[sym]
publication (PubMed ID)	1695112[pmid]