STRING: functional protein association networks

STRING可以用來看protein跟protein之間的關係。
http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=OtTDdNLsOyOX&sessionId=XmR18k3OQNwf

進入首頁之後，你會看到這網站提供了四種不同的搜尋方式：

• search by name
• search by protein sequence
• multiple names
• multiple sequences

Mascot

Mascot可以用來分析MS的結果。

Matrix science 網站：
http://www.matrixscience.com/search_form_select.html


1. 進入Mascot分析頁面

The gene ontology

Gene Ontology: http://www.geneontology.org/

1. 搜尋有興趣的 protein 或 gene，然後按 go

Microarray analysis: MeV

MeV 是一個分析 microarray 的一個軟體。

1. 首先打開MeV，新增一個 New multiple array viewer

2. File > Load data > select file loader > 選擇匯入檔案的格式 > browse > load

Phylogenetic Analysis: Building a Tree

Protein: Maximum parsimony (MP) / Maximum likelihood (ML)


1. 用bioedit 匯入想要比較的aa sequence，然後跑 clustalW mutliple alignment，最後存成.phy檔

2. 使用phylip3.67畫圖