2010-12-30

STRING: functional protein association networks

STRING可以用來看protein跟protein之間的關係。
http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=OtTDdNLsOyOX&sessionId=XmR18k3OQNwf

進入首頁之後,你會看到這網站提供了四種不同的搜尋方式:

  • search by name
  • search by protein sequence
  • multiple names
  • multiple sequences





1. 填上想要了解的protein名稱或是sequence之後,選擇物種,然後按go開始搜尋。(如果搜完發現上一個填的資料有誤,一定要按reset,要不然按go之後還是會出現跟之前一樣的內容。)


2. 如果在搜尋的時候,沒有填上物種,按go之後會出現一排物種,看你想要看哪一個物種的protein protein interaction。選完之後按continue。


3. 結果就是一張圖,這張圖會顯示所有跟你輸入protein有關的interaction,圖的下面可以選擇你想看哪種interactioin。


4. 在結果的最下面,可以設定搜尋的參數。設定完之後要按update parameters之後才會生效。


5. 設定完之後,上面的那排views,可以連結到與這個protein有關的文獻或是資料庫。(你點的那項,必須在參數中有打抅。)


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