2010-12-02

Microarray analysis: MeV

MeV 是一個分析 microarray 的一個軟體。

1. 首先打開MeV,新增一個 New multiple array viewer


2. File > Load data > select file loader > 選擇匯入檔案的格式 > browse > load




3. Adjust data > normalization > total intensity



before & after



Clustering > Hierarchical clustering (HCL)




1D: gene 間的 clustering



2D: gene 之間和 sample 之間的 clustering



Virtualization > General distance matrix (GDM)
了解gene之間的相關性



圖示說明了顏色越紅,相關性越高




Clustering > k-means/medians clustering
手動將 gene or samples 分類比較






Clustering > cluster affinity search technique
電腦自動把gene分類比較





把結果 normalization by rows 之後,再做一次CAST,比較能看出彼此間的差異



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