Phylogenetic Analysis: Building a Tree

Protein: Maximum parsimony (MP) / Maximum likelihood (ML)


1. 用bioedit 匯入想要比較的aa sequence，然後跑 clustalW mutliple alignment，最後存成.phy檔

2. 使用phylip3.67畫圖

2-1. 把存好的.phy檔放在/phylip3.67/exe/ 下，並將檔名改成"infile"


2-2. 使用seqboot.exe，產生"outfile"

2-3. 把"outfile"改成"infile"，然後使用protpars.exe，產生"outfile", "outtree"

2-4. 把"outree"改成"intree"，然後使用consense.exe，產生"outfile", "outtree"

2-5. 用tree view 看 outtree  結果

DNA: NJ / UPGMA


1. 用CLC workbench 匯入想要比較的DNA sequence

2. 然後跑 create alignment

3. 跑 create tree，這裡可以選擇NJ / UPGMA

4. 完成之後，右邊可以設定tree的樣式