Sequence analysis: CLC main workbench and Bioedit

當我們的定序送回來的時候，可能不是一整條的gene，而是有好幾個片段，所以分析之前要先把這些片段連起來。因為之後blast的時候，檔案必需要符合特定的格式，因此可以使用 CLC main workbench來連接這些片段。

打開 CLC main workbench 進入 limit mode，然後先匯入要連接的sequence。

選擇左下角的join sequences，然後再把要連接的sequence選到右邊，按下一步。再調整sequence的順序。最後選完成。

把連起來的sequence匯出成fasta檔。

進入NCBI blast，選nucloetide blast。

把之前匯出的sequence上傳，進行blast。

結果出來之後，找出原本的目標sequence，然後下載它的sequence，並存成fasta檔。(這邊是以 Homo sapiens insulin(INS) mRNA為例。)

打開bioedit，新增一個alignment，然後把INS的sequence與連接好的sequence匯入。

選“accessory application” > “clustalW multiple alignment”，比對這兩條sequence。

結果：

bioedit 也可以比對蛋白質的 amino acid。一樣匯入要比對的 amino acid，選“accessory application” > “clustalW multiple alignment”，然後再選 “shade identities and similarities in alignment windows” 就完成了。