STRING: functional protein association networks

STRING可以用來看protein跟protein之間的關係。
http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=OtTDdNLsOyOX&sessionId=XmR18k3OQNwf

進入首頁之後，你會看到這網站提供了四種不同的搜尋方式：

• search by name
• search by protein sequence
• multiple names
• multiple sequences

Mascot

Mascot可以用來分析MS的結果。

Matrix science 網站：
http://www.matrixscience.com/search_form_select.html


1. 進入Mascot分析頁面

The gene ontology

Gene Ontology: http://www.geneontology.org/

1. 搜尋有興趣的 protein 或 gene，然後按 go

Microarray analysis: MeV

MeV 是一個分析 microarray 的一個軟體。

1. 首先打開MeV，新增一個 New multiple array viewer

2. File > Load data > select file loader > 選擇匯入檔案的格式 > browse > load

Phylogenetic Analysis: Building a Tree

Protein: Maximum parsimony (MP) / Maximum likelihood (ML)


1. 用bioedit 匯入想要比較的aa sequence，然後跑 clustalW mutliple alignment，最後存成.phy檔

2. 使用phylip3.67畫圖

Sequence analysis: CLC main workbench and Bioedit

當我們的定序送回來的時候，可能不是一整條的gene，而是有好幾個片段，所以分析之前要先把這些片段連起來。因為之後blast的時候，檔案必需要符合特定的格式，因此可以使用 CLC main workbench來連接這些片段。

打開 CLC main workbench 進入 limit mode，然後先匯入要連接的sequence。

NCBI nucleotide

進入NCBI之後，選擇nucleotide，然後輸入想查的protein，
EX: Glucocerebrosidase
當然也可以使用上一篇的filter來narrow down搜尋結果，
EX: Glucocerebrosidase AND human[orgn]

開始使用NCBI GENE

我大學的時候就知道NCBI了，但是我只會使用Pubmed。這次的作業是NCBI的gene。在關鍵字後面加入[ ]，就可以過濾一些資料，讓查資料的時候更有效率。

Find genes by...	search text
free text	liver fibrosis
partial name and multiple species	platelet[title] AND "homo sapiens"[orgn]
chromosome and symbol	(IV[chr] OR 4[chr]) AND pf* [sym]
associated sequence accession number	M25897[accn]
gene name (symbol)	pf4[sym]
publication (PubMed ID)	1695112[pmid]

Pubmed Statistics Analysis

ISI database:
key words: whole blood AND prothrombin time

What is Molecular Biology?

什麼是分子生物學？維基百科上面這麼說的：”Molecular biology is the study of biology at a molecular level.”，也就是從分子的角度研究生物學。有別於一般的生物學，分子生物學主要研究的是在於生物體內分子間的交互作用，算是橫跨生物學與化學的一門學問，而這樣的定義沒辦法很明確的區分「分子生物學」與「生物化學」，所以有人用另一個比較明確但是狹義的定義：分子生物學是指以分子的角度去研究基因的結構以及其功能。